Voisin-jointure

En bio-informatique , le voisin-joignant est une méthode de groupement de bas en haut employée pour la création des arbres phylogénétiques du habituellement utilisés pour des arbres basés sur ADN ou les données de l'ordre de la protéine , l'algorithme exigent la connaissance de la distance entre chaque paire de taxa (par exemple des espèces ou des ordres) dans l'arbre.

la Voisin-jointure est basée sur le critère de minimum-évolution pour les arbres phylogénétiques c. la topologie qui donne moindre toute la longueur de branche est preferred à chaque étape de l'algorithme. Cependant, la voisin-jointure peut ne pas trouver la véritable topologie d'arbre avec moindre longueur totale de branche parce que c'est un algorithme avide qui construit l'arbre d'une mode par étapes. Quoiqu'elle soit suboptimale dans ce sens, elle a été intensivement examinée et trouve habituellement un arbre qui est tout à fait près de l'arbre optimal.

La vertu principale de la voisin-jointure est son efficacité. C'est-à-dire, la voisin-jointure est un algorithme de polynôme-temps. Elle peut être employée sur les ensembles de données très grands pour lesquels les autres moyens de l'analyse phylogénétique (par exemple évolution minimum , de la parcimonie maximum , du maximum de vraisemblance ) sont le informatique prohibitif. À la différence de l'algorithme du UPGMA pour la reconstruction phylogénétique d'arbre, voisin-se joignant ne suppose pas que toutes les lignées évoluent au même taux (hypothèse moléculaire d'horloge de ) et ne produit pas un arbre non-raciné. Des arbres enracinés peuvent être créés en employant un Outgroup et la racine peut alors effectivement être placée sur le point dans l'arbre où le bord de l'outgroup se relie.

En outre, la voisin-jointure est le statistiquement à conformé sous beaucoup de modèles d'évolution. Par conséquent, donné des données de longueur suffisante, voisin-se joignant reconstruira l'arbre vrai avec la probabilité élevée.

Random links: