RAPD

Le RAPD représente l'amplification aléatoire d'ADN polymorphe . C'est un type de réaction de l'ACP , mais les segments de l'ADN qui sont amplifiés sont aléatoires. Le scientifique RAPD de exécution crée plusieurs amorces arbitraires et courtes (8-12 nucléotides), puis poursuit l'ACP using un grand calibre de l'ADN genomic, espérant que les fragments amplifieront. En résolvant les modèles en résultant, un profil semi-unique peut être glané d'une réaction de RAPD.

Aucune connaissance de l'ordre d'ADN pour le gène visé n'est exigée, car les amorces lieront le quelque part dans l'ordre, mais il n'est pas certain exactement où. Ceci rend la méthode populaire pour comparer l'ADN des systèmes biologiques qui n'ont pas eu l'attention de la communauté scientifique, ou dans un système dans lequel relativement peu d'ordres d'ADN sont comparés (il n'est pas approprié à former une banque de données d'ADN). Étant donné qu'il se fonde sur un grand, intact ordre de calibre d'ADN, il a quelques limitations dans l'utilisation des échantillons dégradés d'ADN. Sa puissance de résolution est beaucoup inférieure à des méthodes visées et spécifiques à l'espèce de comparaison d'ADN, telles que les séquences répétées en tandem de short de . Ces dernières années, RAPD est employé pour caractériser, et tracer, la phylogénie de divers les espèces végétales d'animal et.

Introduction

Les marqueurs polymorphes amplifiés aléatoires (RAPD) d'ADN sont dix fragments d'ADN de mer (longueur de 10 nucléotides) de l'amplification d'ACP des segments aléatoires de l'ADN genomic avec l'amorce simple de l'ordre de nucléotide arbitraire et qui peuvent différencier entre les individus génétiquement distincts, bien que pas nécessairement d'une manière reproductible.

Comment cela fonctionne

À la différence de l'analyse traditionnelle d'ACP, RAPD (" prononcé ; rapid" ;) n'exige aucune connaissance spécifique de l'ordre d'ADN de l'organization de cible : les 10 amorces identiques de mer ou n'amplifieront pas un segment de l'ADN, selon les positions qui sont complémentaires à l'ordre des amorces. Par exemple, aucun fragment n'est produit si les amorces recuites trop loin à part ou 3 ' extrémités des amorces ne se font pas face. Par conséquent, si une mutation s'est produite dans l'ADN de calibre à l'emplacement qui était précédemment complémentaire à l'amorce, un produit d'ACP ne sera pas fabriqué, ayant pour résultat un modèle différent des segments amplifiés d'ADN sur le gel.

Exemple

RAPD est une méthode de dactylographie peu coûteuse pourtant puissante pour beaucoup d'espèces bactériennes.

Profils de RAPD, exemple gel de polyacrylamide Argent-souillé montrant trois profils distincts de RAPD produits par primer OPE15 pour des isolats du ducreyi de Haemophilus de de Tanzanie, du Sénégal, de Thaïlande, Europe, et d'Amérique du Nord.

La sélection du bon ordre pour l'amorce est très importante parce que les différents ordres produiront différents modèles de bande et tiendront compte probablement d'une identification plus spécifique de différentes contraintes.

Limitations de RAPD
Presque tous les marqueurs de RAPD sont dominants, c. il n'est pas possible de distinguer si un segment d'ADN est amplifié d'un lieu qui est hétérozygote (1 copie) ou homozygote (2 copies). Marqueurs Co-dominant de RAPD, observés comme des segments différent-classés d'ADN amplifiés du même lieu, sont détectés seulement rarement.
L'ACP est une réaction enzymatique, donc la qualité et la concentration de l'ADN de calibre, les concentrations des composants d'ACP, et les conditions de recyclage d'ACP peuvent considérablement influencer les résultats. Ainsi, la technique de RAPD est notoirement laboratoire dépendant et a besoin des protocoles soigneusement développés de laboratoire pour être reproductibles.
Les disparités entre l'amorce et le calibre peuvent avoir comme conséquence toute l'absence de produit d'ACP comme dans une quantité simplement diminuée du produit. Ainsi, il peut être difficiles interpréter les résultats de RAPD.

développant les marqueurs Lieu-spécifiques et Co-Dominant du de RAPDs

la bande polymorphe de marqueur de RAPD est isolé dans le gel.
Il est amplifié dans la réaction d'ACP.
Le produit d'ACP est copié et ordonnancé.
De nouvelles plus longues et spécifiques amorces sont conçues pour l'ordre d'ADN, qui s'appelle le marqueur amplifié caractérisé ordonnancé de région (le CPRA).

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