Ordonnancement
pour le sens du " ; sequencing" ; utilisé dans la musique électronique , voir l'article du compteur séquentiel de musique de .
En génétique et biochimie , ordonnançant des moyens de de déterminer la structure primaire (ou l'ordre primaire) d'un biopolymère non ramifié . L'ordonnancement a comme conséquence une description linéaire symbolique connue sous le nom d'ordre qui récapitule succinctement une grande partie de la structure d'atomique-niveau de la molécule ordonnancée.
Ordonnancement d'ADN
voient également : ADN de ordonnançant le
L'ordonnancement d'ADN est le processus de déterminer l'ordre du nucléotide d'un fragment donné d'ADN . Jusqu'ici, la plupart d'ordonnancement d'ADN a été effectué suivre la méthode d'arrêt de chaîne de développée par le Frederick Sanger . Cette technique emploie l'arrêt ordre-spécifique d'une réaction de synthèse d'ADN using les substrats modifiés de nucléotide. Cependant, les nouvelles technologies de ordonnancement telles que le Pyrosequencing gagnent une part croissante du marché de ordonnancement. Plus de données de génome sont produites par pyrosequencing que l'ADN de Sanger ordonnançant de nos jours. Pyrosequencing a permis l'ordonnancement rapide de génome. Le génome bactérien peut être ordonnancé dans une seule course avec plusieurs assurance de X avec cette technique. Cette technique a été également employée pour ordonnancer le génome du James Watson récemment.
L'ordre de l'ADN code l'information nécessaire pour que les choses vivantes survivent et pour se reproduisent. La détermination de l'ordre est donc utile dans la recherche « pure » dans pourquoi et comment les organizations vivent, aussi bien que dans les sujets appliqués. En raison de la nature principale de l'ADN aux choses vivantes, la connaissance de l'ordre d'ADN peut venir dans utile dans pratiquement n'importe quelle recherche biologique. Par exemple, dans la médecine elle peut être employée pour identifier, diagnostique et développe potentiellement des traitements pour les maladies génétiques. De même, la recherche sur les microbes pathogènes peut mener aux traitements pour les maladies contagieuses. La biotechnologie est une discipline en pleine expansion, avec le potentiel pour beaucoup de produits et de services utiles.
Ordonnancement de Sanger
le terminateur à chaînes ordonnançant (Sanger ordonnançant), prolongation est lancé à un emplacement spécifique sur l'ADN de calibre en employant un oligonucléotide court « amorce » complémentaire au calibre à cette région. L'amorce d'oligonucléotide est prolongée using un ADN polymérase De , une enzyme qui replie l'ADN. Incluses avec l'amorce et l'ADN polymérase Sont les quatre bases de deoxynucleotide (blocs constitutifs d'ADN), avec une basse concentration d'un nucléotide de terminaison à chaînes (le plus généralement un deoxynucleotide de Di ). L'incorporation limitée du nucléotide de terminaison à chaînes par l'ADN polymérase Résulte dans une série de fragments relatifs d'ADN qui sont terminés seulement aux positions où ce nucléotide particulier est employé. Les fragments taille-sont alors séparés par l'électrophorèse dans un gel de polyacrylamide de galette, ou généralement maintenant, dans un tube en verre étroit (capillaire) rempli du polymère visqueux. Une alternative à l'étiquetage de l'amorce est de marquer les terminateurs à la place, « terminateur généralement appelé de colorant ordonnançant ». L'avantage principal de cette approche est l'ensemble d'ordonnancement complet peut être exécuté dans une réaction simple, plutôt que les quatre requis avec l'approche de marquer-amorce. Ceci est accompli en marquant chacun des chaîne-terminateurs de dideoxynucleotide avec un colorant fluorescent séparé, qui brille par fluorescence à une longueur d'onde différente . Cette méthode est plus facile et plus vite que l'approche d'amorce de colorant, mais peut produire des crêtes plus inégales de données (différentes tailles), dues à une différence dépendante de calibre dans l'incorporation des grands chaîne-terminateurs de colorant. Ce problème a été sensiblement réduit avec l'introduction des nouveaux enzymes et colorants qui réduisent au minimum la variabilité d'incorporation.Cette méthode est maintenant employée pour la grande majorité d'ordonnancer des réactions car elle est plus simple et meilleur marché. La raison principale de ceci est que les amorces ne doivent pas être séparément marquées (qui peuvent être des dépenses significatives pour une amorce faite sur commande à utiliser une seule fois), bien que ce soit moins de souci avec les amorces « universelles » fréquemment utilisées.
Pyrosequencing
Le Pyrosequencing , qui a été à l'origine développé par Mostafa Ronaghi, a été commercialisé par Biotage (pour la basse sortie ordonnançant) et les 454 sciences de la vie (pour la haut-sortie ordonnançant). La plate-forme de ce dernier ordonnance approximativement 100 megabases dans une course de sept heures avec une machine simple. Dans la méthode ranger-basée (commercialisée par les 454 sciences de la vie), l'ADN monocatenaire est recuite aux perles et amplifiée par l'intermédiaire de l'ACP de fin de support. Ces ADN-bondir les perles sont alors placés dans des puits sur un morceau fibreoptique avec les enzymes qui produisent la lumière en présence du triphosphate d'adénosine . Quand des nucléotides libres sont lavés au-dessus de ce morceau, la lumière est produite pendant que le triphosphate d'adénosine est produit quand les nucléotides se joignent à leur addition complémentaire des paires de base de des résultats d'un (ou à plus) nucléotide dans une réaction qui produit d'un signal léger qui est enregistré par l'appareil-photo de CCD dans l'instrument. La force de signal est proportionnelle au nombre de nucléotides, par exemple, bouts droits de homopolymère, incorporés dans un écoulement simple de nucléotide.
Ordonnancement d'ARN
l'ARN est moins stable dans la cellule, et également une attaque plus encline de nucléase expérimentalement. Car l'ARN est produit par la transcription de l'ADN, l'information est déjà présente en ADN des cellules. Cependant, il est parfois souhaitable d'ordonnancer des molécules d'ARN. En particulier, dans les Eukaryotes les molécules d'ARN ne sont pas nécessairement le colinéaire avec leur calibre d'ADN, car les introns sont excisés. Pour ordonnancer l'ARN, la méthode habituelle est première à l'inverse de transcrivent l'échantillon pour produire des fragments d'ADN. Ceci peut alors être ordonnancé comme décrit ci-dessus.
Ordonnancement de protéine
voient également : Protéine de ordonnançant le
Méthodes pour effectuer l'ordonnancement de la protéine inclure :
Dégradation d'Edman de
Empreinte digitale de la masse de peptide de
Spectrométrie de masse
La protéase de digère
Si le gène codant la protéine peut être identifié il est actuellement beaucoup plus facile de séquencer l'ADN et d'impliquer l'ordre de protéine. La détermination d'une partie de l'ordre d'acide aminé d'une protéine (souvent une extrémité) par une des méthodes ci-dessus peut être suffisante pour permettre l'identification d'un clone portant le gène.
Ordonnancement de polysaccharide
Bien que les polysaccharides soient également des biopolymères, il n'est pas aussi commun à l'entretien de « ordonnancer » un polysaccharide, pour plusieurs raisons. Bien que beaucoup de polysaccharides soient linéaires, beaucoup ont des branches. Beaucoup de différentes unités (les différents monosaccharides peuvent être employés, et le collé dans différentes manières. Cependant, la raison théorique principale est que tandis que les autres polymères énumérés ici sont principalement produits d'une façon « calibre-dépendante » par une enzyme processive, chacune individuelle s'associe à un polysaccharide peut être constituée par une enzyme différente . Dans beaucoup de cas l'assemblée n'est pas uniquement spécifiée ; selon quelle enzyme agit, une de plusieurs différentes unités peut être incorporée. Ceci peut mener à une famille des molécules semblables étant formées. Cela vaut particulièrement pour des polysaccharides d'usine. Les méthodes pour la détermination de structure de des oligosaccharides et des polysaccharides incluent l'analyse RMN de spectroscopie du et de méthylation de .
Voir également
Code génétique Motif d'ordre de
.
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