NAMD

NAMD (ynamics olecular de D M de noscale de Na ) ¹is un paquet moléculaire de simulation de la dynamique gratuit écrit using le modèle de programmation parallèle du Charm++ , remarquable pour son efficacité parallèle et employé souvent pour simuler les grands systèmes (millions d'atomes . Il a été développé par la collaboration commune du groupe théorique et informatique de biophysique (TCB) et du laboratoire de programmation parallèle (PPL) à l'Université des Illinois de au l'Urbana-Champagne .

Il a été présenté en 1995 par le Nelson et autres comme une dynamique moléculaire parallèle code permettre la simulation interactive par l'enchaînement au code VMD de visualisation. NAMD a depuis mûri, ajoutant beaucoup de dispositifs et les mesurant aux milliers de processeurs. La dernière version (en date du janvier 2007) est 2.6, un nouveau dispositif dont est le soutien du champ de force du OPLS .

Voir également

CHARMM
Grace de (outil de traçage)
VMD
Charm++

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