Interactome

Le Interactome est l'ensemble de totalité d'interactions moléculaires en cellules. Il est habituellement montré comme graphique dirigé par . Une fois parlé en termes de Proteomics , il se rapporte au réseau de l'interaction de Protéine-protéine de (PPI), ou au réseau de protéine (PN).

Méthodes de tracer l'interactome

L'étude de l'interactome s'appelle le Interactomics . L'unité de base du réseau de protéine est interaction de protéine-protéine (PPI). Puisque l'interactome considère l'organization entière, il y a un besoin de collecter une quantité massive d'informations.

Des méthodes expérimentales ont été conçues pour déterminer PPI, tel que 1) la purification d'affinité et 2) l'hybride de la levure deux (Y2H). L'ancien est adapté pour identifier un complexe de protéine, alors que ce dernier est adapté à explorer les interactions binaires en quantité de masse. L'ancien est considéré comme méthode de bas-sortie (LTP), alors que ce dernier est considéré comme méthode de haut-sortie (HTP).

Il y a eu plusieurs efforts de tracer l'interactome eucaryotique par des méthodes de HTP. De la levure, la mouche, le ver, et les cartes humaines de HTP ont été créés jusqu'ici (2006).

Bases de données d'Interactome

Base de données de protéine de interaction (IMMERSION) (Xenarios et autres 2000)
Base de données de GRILLE
MIPS de base de données
Base de données de PSIMAP : Le DB structural d'interactome de première protéine
Base de données d'InterPare : Un DB structural d'Interfaceome de protéine
Base de données réseau biomoléculaire d'interaction (BIND) (Bader et autres, 2003)
Base de données en ligne prévue d'interaction humaine (OPHID) (Brown et Jurisica, 2005)
Base de données de référence humaine de protéine (HPRD) (Peri, S. et autres, 2003)
Himap (carte humaine d'Interactome)
HPID
MENTHE
PINdb
Intact - la base de données moléculaire d'interaction
APID - L'interaction agile DataAnalyzer APID de protéine est le Web-outil bioinformatic interactif qui intègre et unifie des interactions expérimentalement validées de protéine-protéine connues par force.

Voir également

Bio-informatique
Omics
Liste de de matières d'omics dans la biologie

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