GenBank

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La base de données d'ordre de de GenBank est un accès ouvert , collection annotée de tous publiquement - des ordres disponibles du nucléotide et leurs traductions de la protéine . Cette base de données est produite au centre national de pour l'information (NCBI) de biotechnologie en tant qu'élément de la collaboration internationale de base de données d'ordre de nucléotide de , ou au INSDC . GenBank et ses collaborateurs reçoivent des ordres produits dans les laboratoires dans le monde entier de plus de 100.000 organizations distinctes. GenBank continue à se développer à un taux exponentiel, doublant tous les 10 mois. La version 155, produite dans l'août 2006 , a contenu plus de 65 milliards de bases de nucléotide dans plus de 61 millions d'ordres. GenBank est construit par des soumissions directes de différents laboratoires, aussi bien que des soumissions en bloc des centres de ordonnancement à grande échelle.

Des soumissions directes sont faites à GenBank using le BankIt , qui est une forme basée sur le WEB, ou le programme autonome de soumission, Sequin. À la réception d'une soumission d'ordre, le personnel de GenBank assigne un numéro d'accession à l'ordre et exécute des contrôles de garantie de qualité. Les soumissions sont alors libérées à la base de données publique, où les entrées sont recouvrables par le Entrez ou téléchargeable par FTP . Les soumissions en bloc du ont exprimé l'étiquette (est), l'emplacement étiqueté par ordre (STS), l'ordre (GSS) d'ordre de d'enquête de génome de , et des données de l'ordre (HTGS) de génome de Haut-Sortie de le plus souvent sont soumises par les centres de ordonnancement à grande échelle. Le GenBank les soumissions que directes groupent traite également des ordres microbiens complets de génome.

Histoire

L'aiguillon de Walter de de la biologie et du groupe théoriques de biophysique au laboratoire national de Los Alamos et d'autres a établi la base de données d'ordre de Los Alamos en 1979, qui a abouti à 1982 avec la création du GenBank public financé par les instituts nationaux de de la santé , le National Science Foundation, le ministère de l'énergie et le Département de la Défense. LANL a collaboré sur GenBank avec le boulon, le Beranek, et le Newman fermes, et vers la fin de 1983 plus de 2.000 ordres ont été stockés dans lui.

Au milieu des années 80, la compagnie de bio-informatique d'Intelligenetics à l'Université de Stanford a géré le projet de GenBank en collaboration avec LANL. En tant qu'un des projets de la communauté de la bio-informatique les plus tôt sur l'Internet, le projet de GenBank a commencé des groupes de nouvelles du BIOSCI /Bionet pour favoriser des communications de l'accès ouvert parmi des bioscientists. Pendant 1989 à 1992, le projet de GenBank transitioned au centre national de de création récente pour l'information de biotechnologie.

Croissance de GenBank

Les notes de dégagement de GenBank pour le déclarer de la version 162.0 (octobre, 2007) qui " ; de 1982 au présent, le nombre de bases dans GenBank a doublé approximativement chaque 18 months." ; La parcelle de terrain suivante montre clairement la croissance exponentielle. (Sur une échelle de semi-notation de ce type, une ligne droite représente un changement exponentiel.)

La base de données de GenBank inclut les ensembles de données additionnels qui sont construits mécaniquement de la collecte de données de séquence principale, et donc est exclue de ce compte.

Voir également

Ensembl
HPRD
Analyse d'ordre de
Ordre de profilant l'outil
Motif d'ordre de
UniProt
Liste de des génomes eucaryotiques ordonnancés
Liste de des génomes archeal ordonnancés

Random links: