Domaine de transmembrane

Le domaine de transmembrane de dénote habituellement une alpha spirale simple de transmembrane d'une protéine de transmembrane de . Ce s'appelle le " ; domain" ; parce qu'une alpha-spirale dans la membrane peut être pliée indépendamment sur le reste de la protéine, semblable aux domaines de des protéines hydrosolubles . Plus largement, un domaine de transmembrane de est n'importe quelle structure tridimensionnelle de protéine qui est thermodynamiquement écurie dans la membrane. Ceci peut être une alpha spirale simple, un complexe stable de plusieurs alpha spirales de transmembrane, baril de transmembrane un bêta, une bêta-spirale de Gramicidin A , ou n'importe quelle autre structure. Les spirales de transmembrane sont habituellement environ 20 acides aminés dans la longueur, bien qu'elles puissent être beaucoup plus longues ou plus courtes.

Identification des spirales de transmembrane

Les spirales de transmembrane sont évidentes en structures des protéines de membrane déterminées par la diffraction des rayons X . Elles peuvent être également prévues sur la base du Hydrophobicity . Puisque l'intérieur du bilayer et les intérieurs de la plupart des protéines de structure connue sont le hydrophobe, on le présume d'être une condition des acides aminés qui enjambent une membrane cette ils soient hydrophobes aussi bien. Cependant, les pompes de membrane et les canaux d'ion contiennent également de nombreux résidus chargés et polaires dans les segments généralement non polaires de transmembrane.

Using l'analyse de Hydrophobicity de prévoir des spirales de transmembrane permet une prévision alternativement du " de ; topology" de transmembrane ; d'une protéine ; c. prévision quelles parties de elle dépassent dans la cellule, quelles pièces dépassent dehors, et combien de fois la chaîne de protéine croise la membrane. De telles méthodes de prévision sont généralement appliquées avec un succès limité.

La COURROIE de paquet de bio-informatique permet d'accéder à 15 algorithmes différents de prévision de TM-spirale.

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