Clustal

Le Clustal est un programme informatique multiple de de l'alignement d'ordre de employé couramment . La dernière version est 1. Il y a deux variations principales :

ClustalW : ligne de commande interface
ClustalX : Cette version a une interface utilisateurs graphique. Elle est disponible pour OS de Windows, de Mac et Unix/Linux.

Ce programme est fourni par le ftp server européen d'institut de bio-informatique. Choisir le unix pour Unix/Linux, imper de pour l'OS de Mac, ou DOS de pour Windows.

Entrée-sortie

Ce programme accepte un éventail sur le format d'entrée. NBRF/PIR inclus, FASTA , EMBL/Swissprot, Clustal, GCC/MSF, GCG9 RSF et GDE.

Le format de rendement peut être l'un ou beaucoup de ce qui suit : Clustal, NBRF/PIR, GCG/MSF, PHYLIP , GDE, CONNEXION.

Alignement multiple d'ordre

Il y a trois étapes principales : de
Faire un
  • de l'alignement par paires Créer un
  • phylogénétique de l'arbre (ou employer un arbre défini pour l'utilisateur) Employer l'arbre phylogénétique pour effectuer un alignement multiple

    Ceux-ci sont faits automatiquement quand vous choisissez le " ; Accomplir Alignment" ;. D'autres options sont " ; Faire l'alignement du tree" de guide ; et " ; Only" d'arbre de guide de produit ;.

    Alignements de profil

    Des alignements sont calculés par paires pour tous contre tous les ordres, et des similitudes sont stockées dans une matrice. Ceci est alors converti en matrice de distance, où les mesures de distance reflètent la distance évolutionnaire entre chaque paire d'ordres.

    De cette matrice de distance, un arbre de guide, ou l'arbre phylogénétique, pour l'ordre dans lequel des paires d'ordres doivent être aligné et combiné avec des alignements précédents est construit using un algorithme de groupement de voisin-jointure. Des ordres sont progressivement alignés à chaque point de branchement, à partir des moindres paires éloignées d'ordres.

    Arrangement

    Les utilisateurs peuvent aligner les ordres using l'arrangement de défaut, mais de temps en temps il peut être utile d'adapter ses propres paramètres.

    Les paramètres principaux sont la pénalité d'ouverture d'espace, et la pénalité de prolongation d'espace.

    Version accélérée

    Un FPGA a basé la version de l'algorithme de ClustalW offert par Progeniq révèlent au speedup de 20 fois contre l'exécution de logiciel sur le même processeur.
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