BioPerl

Le BioPerl est une collection de modules de Perl qui facilitent le développement des manuscrits de Perl pour des applications de la bio-informatique . Il a joué un rôle intégral dans le Projet génome humain . C'est un projet de logiciel de la source ouverte qui est toujours en cours de développement actif. Le premier dégagement stable était sur le 2002 du 11 juin , (en termes d'api) le dégagement stable le plus récent est 1.0 à partir du 2003 de décembre. Il y a également les dégagements instables de réalisateur produits périodiquement, être le plus récent 1.2 à partir du 6 décembre [[ 006]]. On pensée que la version 1.2 est considérée (en termes de bogues) la version la plus stable de BioPerl et convient à la plupart des exigences de peuples.

Afin de tirer profit de BioPerl, des besoins de l'utilisateur un arrangement de base du langage de programmation de Perl comprenant un arrangement de la façon employer des références, des modules, des objets et des méthodes de Perl.

Avantages

BioPerl fournit des modules de logiciel pour plusieurs des tâches typiques de la programmation de bio-informatique. Celles-ci incluent :
Données d'ordre d'accès de

s bases de données locales et à distance
Formats de transformation des disques de base de données
Différents ordres de manipulation
Recherche les ordres semblables
Alignements de création et de manipulation d'ordre de * Recherche des gènes et d'autres structures sur l'ADN genomic
Annotations compréhensibles par une machine se développantes d'ordre

Utilisation

En plus d'être employé directement par des utilisateurs, BioPerl a également fourni la base pour une large variété d'outils bioinformatic, incluant notamment :

SynBrowse
GeneComber
TFBS
MIMOX
BioParser
Conception dégénérée d'amorce
Question des bases de données publiques
Tableau comparatif courant

De nouveaux outils et algorithmes des réalisateurs externes sont souvent intégrés directement dans BioPerl lui-même :

traitant les arbres phylogénétiques et les taxa nichés
Outils de Web de FPC

Voir également

Base ouverte de bio-informatique de
BioPerl.org
Un cours d'instruction pour l'usage de BioPerl
Documents de HOWTO pour l'usage de BioPerl

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